Google lance le traitement de votre ADN dans son cloud

Google lance Google Genomics, une API qui permettra aux chercheurs d'envoyer leurs séquences ADN pour les traiter avec le cloud de Google, et les partager avec la communauté scientifique.

La guerre commerciale que se livrent les géants du cloud pour posséder chez eux les informations génétiques de millions d'individus a commencé. Alors que nous rapportions en début de semaine que la firme IBM s'imaginait être capable d'ici cinq ans d'analyser l'ADN des patients pour proposer aux médecins un traitement adapté en quelques minutes, Google a annoncé vendredi la mise à disposition d'une API dédiée au traitement du génome, baptisée Google Genomics.

L'API permettra aux chercheurs d'envoyer les séquences ADN qu'ils doivent traiter sur les serveurs de Google, et de profiter de la puissance de calcul et des algorithmes de Google pour faciliter la lecture des séquences, et réaliser leur alignement à partir de séquences de référence. L'outil peut importer en masse les séquences ADN alignées au format BAM, importer des séquences non alignées, réaliser des traitements sur les données, et exporter les séquençages au format BAM.

"Un ensemble de données peut être public ou privé, ce qui veut dire alors que l'accès est réservé aux propriétaires du projet de cloud", précise Google.

Malgré son caractère particulièrement sensible, l'API Google Genomics n'est pas soumis à une politique particulière de protection des données. Les conditions d'utilisation proposées sont celles de tous les services de cloud de Google. Elles prévoient que les utilisateurs des API conservent la propriété des données envoyées sur le cloud.

Les pages de Google Genomics ne sont pas claires sur l'utilisation qui peut être faite des données génétiques, lorsque ces données sont déclarées "publiques" par les chercheurs qui les envoient. Or l'objectif est bien de pouvoir partager un maximum d'informations génétiques pour mettre les séquences en commun, et profiter de leur analyse comparée.

Google rejoint la Global Alliance for Genomics and Health

"Imaginez l'impact si partout des chercheurs avaient des échantillons de plus grande taille pour faire la distinction entre les gens qui deviennent malades et ceux qui restent en bonne santé, entre les patients qui répondent à un traitement et ceux dont la maladie empire, entre les pathogènes qui causent des épidémies et ceux qui sont sans conséquences. Imaginez s'ils pouvaient tester des hypothèses biologiques en quelques secondes plutôt qu'en plusieurs jours, sans avoir à posséder un superordinateur", se réjouit Google.

Un projet qui promet effectivement des avancées spectaculaires pour la médecine personnalisée, mais qui implique aussi en partie de confier ses données de santé aux quelques firmes privées qui disposeront des capacités de calculs et des algorithmes nécessaires. C'est tout le service public médical qui risque d'être remis en question, avec de très nombreuses autres questions éthiques et sociétales qui commencent tout juste à être abordées.

Pour conforter sa place dans le traitement des informations génétiques, Google a également annoncé jeudi qu'il rejoignait le consortium Global Alliance for Genomics and Health (GAGH), en cours de formation depuis juin 2013. "L'Alliance est un effort international pour développer des approches harmonisées pour permettre un partage responsable, sécurisé et efficace de l'information génomique et clinique dans le cloud", explique Google, qui assure que le consortium respecte "les plus hauts standards d'éthique et de vie privée".

Mais le livre blanc (.pdf) publié par l'Alliance en juin dernier n'apporte aucune garantie. Il expose les problèmes d'éthique et de vie privée, les différences de régulations entre les pays, et propose que l'Alliance joue un rôle d'harmonisation de ces politiques à l'échelle mondiale. En clair, il s'agit d'un lobby.