Le séquenceur ADN sur port USB est désormais réalité

Encore balbutiante mais en fort développement, la médecine personnalisée qui promet de révolutionner la santé (et de mettre à mal nos libertés) se base d’une part sur une collecte permanente de données via les capteurs biométriques intégrés par exemple aux montres connectées, et d’autre part sur les services de « Big Data » qui croisent toutes ces données dans d’immenses bases communes pour établir des corrélations entre les utilisateurs et réaliser des analyses prédictives. Plus ces bases sont riches de données sur chaque client, plus il devient possible d’utiliser les historiques de chacun pour deviner les maladies qu’une personne est susceptible de contracter, mais aussi les traitements qui ont le plus de chances de réussir.

Or le séquençage de l’ADN est un axe majeur d’informations pour ces services d’analyses prédictives. IBM lui-même, très ambitieux sur ce marché avec son docteur Watson, prédit que d’ici la fin de la décennie « des machines intelligentes sauront examiner à la fois l’intégralité du séquencement du génome du patient et de vastes bibliothèques de dossiers médicaux et de publications scientifiques » :

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Le potentiel de revenus associés à la médecine prédictive est tel qu’il est probable qu’Apple (pour enrichir HealthKit), Google (qui a déjà un service de traitement du génome dans le cloud), ou encore Samsung (pour sa base SAMI) proposent un jour à leurs clients de fournir leur séquençage ADN, afin de bénéficier de services médicaux parfaitement adaptés à leurs spécificités génétiques.

Mais comment faciliter le séquençage de l’ADN de dizaines de millions d’individus ? Pour proposer une solution simple et abordable, la société britannique Oxford Nanopore développe depuis 10 ans une toute nouvelle technologie. Alors que les séquenceurs ADN actuels sont d’une taille imposante et utilisent des procédés chimiques, Oxford Nanopore utilise une forme de capteur électrique miniature. Disposées sur une membrane non conductive, les molécules sont envoyées au travers de minuscules trous de quelques nanomètres (des nanopores), au travers desquels passe également un courant ionique. La signature du courant généré permet alors d’identifier la molécule et de reconstituer la chaîne des bases azotées A, C, G et T.

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Présenté par Oxford Nanopore depuis de nombreuses années, le lecteur d’ADN MinION qui se branche sur un port USB et n’est pas plus gros qu’un petit smartphone a été souvent retardé par la société, au point que certains commençaient à douter de sa réalité. Mais le magazine Technology Review du MIT rapporte que les premiers MiniON ont été livrés aux laboratoires qui en avaient commandés.

Les résultats sont encore insatisfaisants, puisque l’appareil n’aurait un taux de réussite que de 60 à 85 % dans l’identification des molécules, contre 99,9 % pour les séquenceurs Illumina, la référence du marché. Mais les chercheurs interrogés jugent le MinION très prometteur, d’autant que la société annonce de nouveaux produits à venir, plus précis et capables de traiter jusqu’à 100 000 pores en parallèle. De plus, les MinION n’ont coûté aux laboratoires « que » 1 000 dollars environ, alors qu’un séquence Illumina peut coûter jusqu’à 1 million de dollars.

Cependant le leader du marché n’a pas dit son dernier mot, puisque lui-même a annoncé en début d’année qu’il commercialiserait un séquenceur ADN « à échelle industrielle », qui ne coûterait que 1 000 dollars.

Pourrons-nous bientôt aller chez notre médecin, à la sécurité sociale ou chez notre assureur santé pour obtenir une copie intégrale de son génome, que l’on pourrait ensuite envoyer chez Apple, Google, ou Samsung ? L’avenir le dira.