Virus chinois : tout serait parti d’une mutation chez des serpents

Une épidémie provenant d’un tout nouveau coronavirus, « nCov », s’est déclenchée en Chine depuis fin décembre 2019. Si tout à démarré dans la ville de Wuhan, au centre du pays, le nombre de personnes infectées n’a cessé d’augmenter depuis, jusqu’à dépasser les frontières : l’épidémie a touché l’Australie, le Japon, la Thaïlande et même plus récemment les États-Unis. Étape importante pour maitriser au mieux le phénomène, la séquence génétique du coronavirus a été identifiée. Une étude publiée le 22 janvier dans Journal of Medical Virology indique maintenant avoir identifié l’origine : les serpents.

On sait qu’il s’agit d’un « coronavirus », une famille virologique spécifique, et que nCov se rapproche du syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS). En 2002 / 2003, le SRAS avait provoqué plusieurs centaines de décès et des milliers d’infections, mais la proximité entre les deux virus ne signifie pas que nCov sera tout aussi grave. Pour l’instant, le nouveau coronavirus enregistre 448 infections confirmées et 9 décès, selon la page Santé Publique France régulièrement mise à jour.

Image d'un coronavirus (ici celui qui provoque le Syndrome respiratoire aigu sévère). Le terme signifie 1 virus à couronne », car le virus est entouré d'une petit couronne de projections bulbeuses comme on peut le voir sur cette image au microscope.

Source : CDC

Si la transmission interhumaine paraît avérée, et que l’épidémie se propage, rappelons que l’inquiétude n’est pas encore de mise. C’est d’ailleurs ce qu’indique une virologue à Numerama dans un précédent article, précisant qu’il est bon signe qu’un système de surveillance accrue soit déjà en place, ainsi qu’une étude approfondie du virus. Plus nous recevons d’informations sur le sujet, plus la recherche avance, plus cela signifie que la crise est sous contrôle, dans l’immédiat. La nouvelle étude est un bon exemple de cette sérieuse prise en main de  la crise.

Des chauve-souris aux serpents aux humains

Depuis les débuts de l’épidémie, l’hypothèse principale est que tout a commencé dans un marché à Wuhan, dans lequel on trouve différents types d’animaux sauvages vivants. Les premiers cas avaient tous en commun d’être passés en premier lieu par ce marché. Avant que la transmission interhumaine n’apparaisse par mutation, il semble assez évident que le virus est d’abord passé d’un animal vers des humains.

Les chercheurs de l’étude publiée dans Journal of Medical Virology ont procédé à une analyse exhaustive de la séquence génétique du virus afin de la comparer avec les autres types de coronavirus présents chez des animaux présents à ce marché — chauve-souris, oiseaux, serpents, marmottes. Leur conclusion : le génome provient des coronavirus SARS présents chez les chauve-souris, mais après une mutation supplémentaire.

Des protéines appartenant à des serpents

La synthèse du code génétique de nCov montre en effet que des protéines appartiennent à celles que l’on retrouve plutôt chez les serpents. L’enchaînement prend alors de la cohérence, car les serpents sont des prédateurs de chauve-souris. En l’occurrence, il est plus précisément question de deux espèces : Bungarus multicinctus (Bongare rayé) et Naja atra (Cobra chinois). De fait, il semblerait que le coronavirus ait d’abord été l’objet d’une première mutation en contaminant des serpents, lui permettant d’infecter des humains — soit grâce à la première mutation, soit grâce à une seconde mutation.

Le profilage du virus avance bien

La mutation du coronavirus originel, qui infectait les chauve-souris, est une « recombinaison cellulaire » de certaines de ses protéines lui servant à s’accrocher aux récepteurs des cellules hôtes. Ce sont donc des protéines clés de l’infection, car ce sont elles qui permettent au coronavirus d’entrer dans un certain type de cellules pour infecter son hôte. Cela a donc du sens qu’une mutation sur ce versant de son code génétique ait été la cause de sa capacité à passer d’espèce en espèce, chez les serpents puis chez les humains.

Les conclusions doivent être confirmées par d’autres études

Les chercheurs précisent que ce résultat doit encore être couplé avec d’autres analyses chez les animaux potentiellement à l’origine de l’épidémie. Aucune conclusion n’est pour l’instant actée. Cela prouve toutefois que les laboratoires se rapprochent d’un profilage plus complet de nCov ; ce qui débouchera rapidement sur une gestion toujours meilleure de la crise, notamment pour établir des vaccins et des traitements. Les récentes désinfection totale et mise en quarantaine du lieu d’origine de l’épidémie, Wuhan, sont également bon signe puisque cela freine les risques d’infection et donc de mutation renforcée.