Comment la France compte surveiller les variants du coronavirus

L’émergence de nouveaux variants du coronavirus SARS-CoV-2, générés par des mutations, est un sujet d’inquiétude sur les évolutions possibles de l’épidémie, non sur la gravité des symptômes, mais sur la rapidité de transmission. Le variant VOC 202012/01, dit « variant anglais », est particulièrement scruté : les premiers travaux à son sujet montrent une augmentation assez significative de la transmission. Même si les vaccins semblent être efficaces contre cette nouvelle souche, sa diffusion doit être impérativement limitée.

Sur TF1, jeudi 21 janvier 2021, le ministre de la Santé Olivier Véran n’a pas caché que ce variant anglais pourrait nécessiter un reconfinement complet, et non plus un simple couvre-feu. Cette décision dépendra de l’activité épidémique en France ces prochains jours, et notamment de la circulation du variant anglais.

Pour contenir ce variant et les autres, le ministère de la Santé a annoncé un renforcement du plan sanitaire visant à mieux surveiller et mieux contenir leur propagation. Quelles sont ces évolutions ?

Tests PCR multiplexes, contact tracing et isolement

Le premier volet du plan sanitaire dédié aux variants concerne le dépistage, et plus particulièrement les tests PCR. « On a renforcé notre capacité de surveillance virologique », a indiqué le ministère de la Santé lors d’une réunion avec la presse, jeudi 22 janvier. Dans chaque territoire, les tests PCR présentant des anomalies sont activement séquencés pour vérifier si, oui ou non, ces anomalies proviennent de la détection d’un variant.

Propagation du variant anglais dans le monde au 16 janvier 2021 (plus la couleur est rouge sombre, plus le nombre de cas positifs au variant est élevé).

Source : Wikimédia commons

La plupart des tests PCR utilisés aujourd’hui deviennent positifs en cas de présence d’un variant, mais ne permettent pas de définir, sans séquençage plus poussé, si la positivité provient du coronavirus « classique » ou de l’un des récents variants. La surveillance virologique va s’accompagner, à partir de ce weekend du 23 janvier et en se déployant progressivement au fil des semaines à venir, de kits PCR dits multiplexes : « on aura des tests qui, dès le départ, seront en mesure de détecter la présence d’un variant et de quel variant il s’agit ».

Deuxième volet : le contact tracing et l’isolement. En cas d’anomalie sur un test PCR, ou de confirmation d’un variant par le séquençage du test, et bientôt avec le résultat positif d’un test PCR multiplexe, l’assurance maladie est dorénavant chargée de procéder à des investigations de tracing plus poussées. « L’idée, c’est d’aller un peu plus loin dans les contacts », explique le ministère, en « allant chercher des contacts que l’on n’aurait pas été chercher dans une investigation classique » afin de « ratisser très large sur les contaminations potentielles ».

Ensuite, concernant la phase d’isolement, un dispositif d’accompagnement à domicile par des infirmiers libéraux est proposé aux personnes positives depuis ce jeudi 22 janvier. Ce dispositif sera « prioritairement ciblé vers les personnes qui portent le variant ». Un test est ensuite impérativement réalisé à l’issue de l’isolement, là où ce n’est qu’optionnel dans les cas classiques.

L’avis du Haut conseil de la santé publique

Face à la diffusion du variant anglais, comme des autres variants, le Haut conseil de la santé publique a également été sollicité par le ministère de la Santé. Il en résulte deux principales recommandations renouvelées, qui vont être appliquées :

• La distanciation physique de sécurité, en deçà de laquelle une personne ne portant pas de masque est considérée comme cas contact d’une personne positive, est élargie à 2 mètres — au lieu de 1 mètre initialement. Cette recommandation provient de la forte contagiosité du variant anglais. Il est à noter que le CDC américain considérait déjà la distance physique nécessaire de 2 mètres comme une règle.
• Toujours en raison de la plus forte contagiosité du variant anglais, le HCSP estime que les masques en tissu de catégorie 1 doivent être la règle — ces masques en tissu filtrent 90 % des particules infectieuses, là où les masques en tissu de catégorie 2 n’en filtrent que 70 %. Le changement n’est pas si énorme : les masques en tissu de catégorie 1 sont largement majoritaires sur le marché français. Le HCSP n’estime en revanche pas encore nécessaire d’élargir la distribution des masques de type FFP2.

Le ministère a conclu, lors de cette réunion avec la presse, sur la même note qu’Olivier Véran lors de son intervention télévisée : les prochains jours vont déterminer si un confinement sera décrété pour contenir la propagation des variants, en fonction de l’efficacité ou non du couvre-feu, sur lequel le recul est encore manquant selon le gouvernement.