Tous les virus mutent. C’est aussi le cas du coronavirus SARS-CoV-2 à l’origine de la pandémie. Toutes les mutations ne sont pas importantes. Le SARS-CoV-2 a déjà connu des milliers de mutations depuis son apparition, et la majeure partie fut parfaitement bénigne. Toutefois, lorsque les mutations atteignent des aspects clés du virus, alors une nouvelle souche de ce virus apparaît. C’est alors que l’on peut parler véritablement de « variant », aux caractéristiques plus ou moins différentes du virus dont est issu ce variant.
Heureusement pour nous, le coronavirus SARS-CoV-2 a un faible taux de mutation. En effet, il « n’accumule par mois que deux mutations d’une seule lettre dans son génome — un taux de changement qui représente environ la moitié de celui de la grippe et un quart celui du VIH », expliquait l’épidémiologiste moléculaire Emma Hodcroft dans Nature.
Cela n’a pas empêché de voir émerger, au milieu de l’automne 2020, des variants significatifs du SARS-CoV-2. Plus un virus circule, plus il dispose d’hôtes dans des environnements variés, plus il risque alors de muter significativement. Raison pour laquelle la vaccination est un outil précieux pour contrôler une pandémie, puisque cela « étouffe » d’une certaine façon le pathogène — il se retrouve confiné à un nombre très limité d’hôtes, ses voies de circulation sont limitées et le nombre de mutations possibles s’en retrouve abaissé.
Voici quels variants ont été détectés à l’heure actuelle, et ce que l’on sait d’eux.
Variant anglais : VOC2020
Origine
Le variant VOC2020 (pour Variant of concern 2020), aussi appelé B.1.1.7, est surnommé « variant anglais » en raison de sa première détection au Royaume-Uni, en octobre 2020. Il a été découvert par le biais d’un séquençage génomique, c’est-à-dire l’étude de son code génétique dans le cadre de la surveillance épidémiologique des mutations du coronavirus — très active sur le sol britannique.
L’analyse approfondie du variant par son séquençage a mis en avant plusieurs mutations clés au niveau de la protéine Spike du coronavirus. C’est par cette protéine que le coronavirus s’accroche aux récepteurs cellulaires humains ; elle relève donc du premier contact entre le pathogène et l’organisme.
Contagiosité, dangerosité
Les mutations touchant à la protéine Spike, dont la plus importante est appelée N501Y, sont la raison pour laquelle la transmissibilité du variant s’est accrue par rapport à la souche d’origine. Le variant anglais est en effet plus contagieux, comme le montrent de plus en plus d’études (1, 2), et comme le conclut le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies.
Cette contagiosité accrue est de nature à expliquer l’hypercirculation du coronavirus sur le sol britannique, qui a été contraint de confiner strictement la population. De même, la plus haute transmissibilité de ce variant pousse le gouvernement français à envisager des mesures plus strictes, le couvre-feu de 18h n’étant plus suffisant face à cette souche. Idem pour la recommandation du Haut Conseil de santé publique de ne plus utiliser des masques en tissu de catégorie 2 : ceux-ci ne filtrent que 70 % des particules, quand ceux de catégorie 1 en filtrent 90 %, ce qui n’est pas négligeable face à la contagiosité accrue du variant anglais.
Aucune preuve ne démontre que le variant anglais est plus dangereux : il ne cause pas de formes plus sévères de la maladie. Il y a toutefois un facteur statistique à prendre en compte, car en se répandant plus vite, il provoque une résurgence de cas et, ainsi, davantage de cas graves apparaissent statistiquement.
Circulation
Le variant anglais est le variant le plus répandu aujourd’hui, puisqu’il a été relevé dans 70 pays fin janvier 2021.
La présence du variant a également augmenté en France. Le taux de positivité au variant dans les tests PCR était autour de 1 % tout début janvier, pour dépasser 10 % après la troisième semaine du mois. En Île-de-France, ce chiffre semble atteindre 15-16 % fin janvier 2021.
Propagation du variant anglais dans le monde au 16 janvier 2021 (plus la couleur est rouge sombre, plus le nombre de cas positifs au variant est élevé).
Source : Wikimédia commons
Vaccin
Après avoir réalisé des tests in vitro, les entreprises Pfizer, Moderna et AstraZeneca ont toutes trois publié des communiqués pour indiquer que les variants anglais ne compromettent pas l’efficacité de leurs vaccins, étant donné que ceux-ci ciblent plusieurs régions de la protéine Spike.
Variant sud-africain : N501Y
Origine
Le variant 501.V2, dit « sud-africain », a été séquencé pour la première fois en Afrique du Sud en octobre 2020. Dans ce pays, il est en train de supplanter la précédente souche, comme pour le variant anglais au Royaume-Uni. Ce variant a quelques similarités avec le VOC2020/variant anglais, puisqu’il possède également la mutation N501Y — d’où son nom 501.V2.
Circulation
Le variant sud-africain est le deuxième variant le plus préoccupant après le variant anglais. On le trouve dans une trentaine de pays, soit deux fois moins que pour le variant anglais. Et dans un pays comme la France, il reste très minoritaire dans les séquençages de tests PCR présentant des anomalies — une quarantaine de cas du variant sud-africain fin janvier contre 300 cas du variant anglais.
Contagiosité, dangerosité
Comme le variant anglais, le variant sud-africain présente une plus haute transmissibilité à cause de la mutation N501Y ; sans générer pour autant des formes plus graves de la maladie Covid-19.
Vaccin
Le variant sud-africain comporte la mutation E484K. Celle-ci est soupçonnée de réduire l’immunité obtenue par le biais de la souche classique du coronavirus, et donc de potentiellement compromettre plus durement l’efficacité des vaccins actuels.
Moderna a mené un test in vitro montrant que le variant sud-africain a bel et bien un impact néfaste sur les anticorps générés par son vaccin. Mais l’entreprise a précisé par communiqué de presse que l’efficacité globale du vaccin ne serait pourtant pas compromise, puisque le niveau de protection reste élevé. Le constat est assez similaire chez Pfizer après des tests in vitro. AstraZeneca ne s’est pas encore exprimée sur le sujet. À noter que Moderna développe tout de même une dose additionnelle de son vaccin, adaptée au variant sud-africain, par « précaution ».
Les vaccins Novavax et Johnson & Johnson, qui ne sont pas encore sur le marché, voient leur efficacité globale être bel et bien atteinte par le variant sud-africain.
Variants brésilien et californien
D’autres variants, définis comme « préoccupants » ont récemment émergé : le variant brésilien et le variant californien. Tous deux ont provoqué des résurgences importantes de cas dans leurs premiers foyers ; ils pourraient donc, eux aussi, être caractérisés par une plus forte contagiosité par rapport à la souche actuellement majoritaire. Ils ne semblent pas présenter de létalité accrue. Ils sont plus récents que les variants anglais et sud-africain, les connaissances restent donc encore limitées à leur sujet aujourd’hui.
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