Il est naturel pour un virus de muter, d’autant plus lorsqu’il circule activement. Le coronavirus SARS-CoV-2 a connu des milliers de mutations, mais la plupart n’ont causé aucun changement majeur. En revanche, c’est lorsque certaines mutations provoquent une vraie modification génétique que l’on parle de « variant ». Dans le langage courant, on nomme alors ces variants par leur région d’apparition. Le « variant anglais » (VOC2020 ou B.1.1.7), par exemple, est préoccupant car il est plus transmissible. Tous les variants ne déclenchent pas le même niveau d’inquiétude, il existe différents niveaux de surveillance.
Dans un communiqué diffusé par mail le 15 mars 2021 au soir, la Direction générale de la Santé a annoncé la « mise en place de mesures de surveillance suite à l’identification d’un nouveau variant en Bretagne ». Voici ce que l’on sait aujourd’hui du « variant breton », placé officiellement dans la catégorie VUI (variant under investigation / variant sous surveillance) de l’Organisation mondiale de la Santé.
La catégorie VUI est moins importante que VOC (variant of concern / variant inquiétant), dans laquelle sont situés les variants anglais, sud-africain et brésilien.
Test RT-PCR par prélèvement nasopharyngé.
Source : Illustration Numerama/Louise Audry
Le variant semble échapper aux tests PCR
Fin février 2021, le centre hospitalier de Lannion a alerté sur un foyer épidémique impliquant la contamination d’une dizaine de personnes, contaminées au sein de l’établissement. Les symptômes, tout particulièrement significatifs d’une infection au coronavirus, n’ont pourtant pas induit de résultat positif après des tests RT-PCR. Quelques semaines plus tard, au 13 mars, le cluster s’étendait à 79 personnes présentant ces symptômes de la maladie Covid-19.
Face à l’inadéquation entre les symptômes cliniques significatifs et les résultats négatifs, les échantillons ont été soumis à un séquençage génomique — la technique permettant d’obtenir une certitude de 100 % sur le génome du virus. À la suite de cette analyse conduite par l’Institut Pasteur, il a été constaté que ces personnes sont bel et bien contaminées par le coronavirus SARS-CoV-2 et que huit d’entre elles sont touchées par une souche jusqu’ici inconnue.
Comme l’indique la Direction générale de la santé, il apparait pour l’instant que le « variant breton » n’est ni plus grave, ni plus transmissible que le coronavirus habituel, raison pour laquelle il n’est pas en catégorie variant of concern dédiée aux variants ayant un impact épidémiologique important. En l’état actuel, il se distingue donc nettement des variants anglais, sud-africain et brésilien. En revanche, le simple fait qu’il semble passer sous le radar des tests RT-PCR par prélèvement nasopharyngé, et donc qu’il échappe à une détection de routine, nécessite qu’il soit placé sous surveillance (variant under investigation).
Comment expliquer cet « échappement » aux tests PCR ? Impossible de répondre factuellement à l’heure actuelle. En revanche, le dépistage RT-PCR fonctionne sur la base de réactifs chimiques adaptés au coronavirus SARS-CoV-2. Les mutations du variant breton semblent toucher un certain nombre de régions virales : c’est le cas pour tous les variants, mais il est théoriquement possible qu’une de ces mutations permettent à cette souche d’échapper à la réaction chimique PCR.
Un système de détection et de surveillance est mis en place par Santé publique France sur une zone incluant Lannion, Guingamp, Saint-Brieuc et Morlaix, afin de mesurer l’ampleur épidémiologique du variant. Les autorités locales vont accentuer certaines mesures, avec une accélération locale de la vaccination et une réduction des rassemblements publics permis. Enfin, sur le plan scientifique, il s’agit dorénavant d’enquêter sur la nature du variant et son impact potentiel. « Des expérimentations vont également avoir lieu afin de déterminer comment ce variant réagit à la vaccination et aux anticorps développés lors de précédentes infections », ajoute la Direction générale de la Santé.
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