Comment le « variant breton » peut-il échapper aux tests PCR ?

En raison de la propagation massive du coronavirus SARS-CoV-2, il était inévitable que surviennent des mutations. Certaines ont conduit à des variants génétiques du pathogène. Parmi eux, les variants anglais, sud-africain et brésilien apparaissent parmi les plus préoccupants. Plus récemment, c’est un variant breton qui a été détecté, dans un foyer épidémique apparu à Lannion.

Celui-ci n’est pas classé comme inquiétant, puisque les premières analyses supposent qu’il n’est ni plus transmissible, ni plus virulent dans les formes de la maladie. Mais il est toutefois sous surveillance, en raison d’une particularité jusqu’ici peu observée : il n’est pas détecté par les tests RT-PCR.

Variants du coronavirus.

Source : Illustration Louise Audry/Nino Barbey/Numerama

Il se trouve en effet que le foyer était d’abord constitué d’une dizaine de personnes présentant des symptômes typiques du coronavirus SARS-CoV-2. Le dépistage PCR a pourtant renvoyé des résultats négatifs. Quelques semaines plus tard, le cluster s’était agrandi à 79 personnes. Le séquençage génomique des échantillons a permis de confirmer qu’il s’agissait bien du coronavirus, et que plusieurs personnes étaient atteintes d’une souche jusqu’ici inconnue.

Mais comment une souche pourrait-elle échapper aux tests RT-PCR ?

Une mutation sur une cible clé du dépistage ?

Comme nous l’expliquions lors d’un reportage au cœur du dépistage PCR, ce processus implique d’abord d’extraire le matériel génétique, puis que extraits récupérés soient « amplifiés ». Ce processus, appelé polymérisation en chaîne, implique de placer le matériel génétique au contact d’un mix de réactifs chimiques. Ces réactifs sont conçus pour réagir en présence du coronavirus SARS-CoV-2. À l’issue de l’amplification, plus l’échantillon contenait une charge virale élevée du coronavirus, plus une courbe s’affichant sur ordinateur sera élevée.

Parmi le mix de réactifs chimiques, la polymérisation fonctionne notamment grâce à des amorces chimiques qui vont venir s’hybrider à certaines régions de l’ARN du virus ; et grâce à une « sonde » contenant des fluorophores (substance émettant de la lumière) réagissant à la présence ou non du virus en fonction du contact avec certaines régions cibles qui sont amplifiées.

Pour aller plus loin

Tests PCR : comment se passe la recherche des variants ?

Or, comme les autres, le variant breton est le résultat plusieurs mutations sur un certain nombre de régions virales. Pour expliquer qu’il échappe aux tests PCR, la solution la plus probable est donc que l’une ou plusieurs de ces mutations rendent ce processus chimique inopérant. « Si la mutation se trouve dans la région complémentaire d’une des amorces ou de la sonde, la détection sera mise en défaut. C’est pourquoi il est très intéressant d’avoir plusieurs cibles dans nos PCR pour pallier ce phénomène », explique à Numerama Bénédicte Roquebert, biologiste au pôle infectiologie du laboratoire Cerba.

Mais cela pourrait-il être plutôt un problème technique ? « Nous sommes en train d’investiguer certains cas actuellement de perte de signal sur une cible mais pas sur les autres. Il ne semblerait pas que ce soit ce problème là pour le variant breton car aucune PCR ne le mettrait en évidence au niveau nasopharyngé alors que sur les prélèvements profonds le variant est détecté », nous indique Bénédicte Roquebert. Il faut en déduire qu’une dysfonction technique des tests est difficilement envisageable ici, ce qui suggère que la raison est bel et bien biologique et que la souche échappe aux réactifs chimiques habituels.

En résumé : certaines mutations spécifiques du variant breton pourraient rendre cette souche incompatible avec les réactifs chimiques utilisés dans les tests PCR actuels. Pour cette raison, seul un séquençage génomique a permis de détecter la présence du virus et du variant. Les investigations sont en cours sur ce variant breton, ce qui permettra d’en apprendre davantage dans les prochaines semaines.