Les villes ont chacune leur propre écosystème unique de microbes et virus

Dans une étude inédite parue dans Cell fin mai 2021, des biologistes dressent le tout premier catalogue mondial de l’« écosystème microbien dans les zones urbaines ». Ce catalogue est issu de milliers d’échantillons métagénomiques (échantillons dont le contenu génétique a été isolé et étudié), prélevés dans les transports publics de 60 villes et récupérés au fil de trois années (2015 à 2017). Les biologistes ont effectué ces prélèvements sur diverses surfaces partagées, comme les barres de métro, les tourniquets des gares.

Conclusion des chercheurs à l’origine de cette étude : chaque ville a sa propre empreinte microbienne et virale, au sens où chaque « écosystème microbien urbain » correspond de façon distincte à chaque ville.

À gauche, l'étudiante Heba Shabaan en compagnie du Dr. Christopher Mason, en train de prélever un échantillon dans le métro new-yorkais. À droite, le prélèvement lui-même.

Source : Université Cornell

« Un microbiome contient des échos moléculaires du lieu où il a été collecté », explique le coauteur de l’étude David Danko sur le site de l’université Cornell. « Un échantillon côtier peut contenir des microbes qui aiment le sel, tandis qu’un échantillon provenant d’une ville densément peuplée peut présenter une biodiversité frappante. » Cela signifie que chaque ville, en fonction de ses caractéristiques propres et de la vie qui y est menée, va comporter un ensemble spécifique, cohérent et unique de microbes et virus.

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L’impact des villes sur la santé humaine

Le séquençage des échantillons a également mis en évidence pas moins de 12 000 virus et bactéries qui étaient inconnus jusqu’alors. Cela vient rappeler que les villes peuvent voir émerger un certain nombre de virus et de bactéries qui, là encore, leur sont spécifiques. « À chaque fois que vous vous asseyez dans le métro, vous faites probablement le trajet en compagnie d’une espèce entièrement nouvelle », explique le docteur Christopher Mason, auteur sénior de l’étude.

Un constat qui, selon les chercheurs, doit avoir un impact sur les progrès des programmes de santé publique. Les microbes présents dans l’environnement urbain sont impliqués « comme une source possible de contagion » ; et certains syndromes, comme les allergies, « sont associés à l’urbanisation croissante ». Les auteurs de l’étude écrivent en conséquence qu’« il est maintenant évident que les villes, en général, ont un impact sur la santé humaine, bien que les mécanismes de cet impact soient très variables et souvent peu compris ».

Les auteurs plaident, dans la conclusion de leurs travaux, en faveur d’un atlas génétique microbien mondial, comme celui qu’ils ont élaboré, mais qui serait mis à jour constamment. Cela pourrait aider les médecins, les services publics et les scientifiques « à repérer, diagnostiquer et prévoir les risques et tendances épidémiologiques », afin de prendre ensuite « des décisions politiques et médicales fondées sur des données issues des villes du monde entier ».