Quand saurons-nous si le variant Omicron est plus dangereux ?

Le nouveau variant Omicron, déjà détecté dans plusieurs pays, est défini comme « préoccupant » par l’Organisation mondiale de la Santé.

L’inquiétude autour de ce variant concerne, pour l’heure, « une constellation inhabituelle de mutations », d’après Tulio de Oliveira qui dirige le centre de recherche sud-africain où le variant Omicron a été séquencé. Comme le montre la première image de ce variant, on trouve effectivement un nombre important de mutations dans la protéine Spike, la région du virus qui lui sert à pénétrer et infecter les cellules humaines.

Ce qu’on sait et ce qu’on ne sait pas sur le variant Omicron

Au total, on compte une cinquantaine de mutations, dont 30 sur cette protéine. Et sur ces 30 mutations, une dizaine se trouvent dans la zone du récepteur ACE2 qui permet l’accès à nos cellules. En comparaison, le variant Delta ne connaissait que deux mutations dans cette zone clé.

La protéine Spike du variant Omicron du covid.

Source : Hôpital Bambino Gesu

À ce jour, cependant, les données scientifiques ne sont pas encore disponibles sur l’impact de ces mutations. Le nombre de mutations est certes une information en soi, mais reste à savoir l’impact de ces mutations. Il faut le dire clairement : à date, ce 29 novembre 2021, nous ne savons pas quelle est exactement la contagiosité et la virulence du variant Omicron. Les scientifiques y vont chacun et chacune de leur analyse, mais en l’absence de données publiées et accessibles pour tout le monde, aucune conclusion n’est possible aujourd’hui.

Deux questions sont donc essentielles et n’ont pas encore de réponse :

1. À quel point ce variant augmente-t-il la contagiosité et la virulence de la maladie ?
2. Quelle est l’ampleur de « l’échappement immunitaire », c’est-à-dire la capacité du virus à contourner la réponse immunitaire établie grâce aux vaccins ?

Sur la question vaccinale, quelques cas de «breakthrough infection » (infections franchissant les barrières immunitaires) ont été détectées en Afrique du Sud, parmi des personnes ayant reçu les vaccins habituels — Pfizer, AstraZeneca, Johnson & Johnson. Ces infections ayant lieu malgré la vaccination ou l’immunité naturelle ne sont pas si rares.

Depuis le variant Delta, on sait que les vaccins actuels servent en majorité à éviter les formes graves, longues et mortelles de la maladie. Certaines personnes ont par ailleurs été infectées avec la souche première du virus puis avec la souche Delta. Mais il s’agit de déterminer si le variant Omicron pousse la « breakthrough infection » plus loin que le variant Delta, avec une plus haute fréquence et une plus grande gravité. Si oui, il faudra changer la formule des vaccins.

Des données sur le nouveau variant d’ici deux semaines ?

Dans le journal Nature, la virologue Penny Moore affirme avancer « à la vitesse de la lumière » pour comprendre ce nouveau variant. Son équipe, à l’université de Johannesburg en Afrique du Sud, s’était déjà distinguée en livrant les premières données sur le variant Bêta, fin 2020. Pour le variant Omicron, le processus est déjà enclenché : l’équipe teste actuellement comment cette souche du coronavirus échappe ou non aux anticorps et autres aspects de la réponse immunitaire.

Penny Moore rappelle qu’« à ce stade il est trop tôt pour dire quoi que ce soit ». Elle confie ensuite à Nature qu’elle et son équipe pensent obtenir les premiers résultats factuels dans deux semaines, c’est-à-dire d’ici la mi-décembre 2021. Ce délai est le même que celui avancé par Pfizer, dont le laboratoire allemand partenaire, BioNTech, affirme qu’il sera fixé d’ici deux semaines sur la nécessité ou non de revoir la formule de leur vaccin à ARN messager contre le covid.

D’autres laboratoires travaillent d’ores et déjà à étudier ce variant, comme au Royaume-Uni. Le génome du variant a été mis en ligne très rapidement sur la base de données GISAID, dès le 22 novembre, après détection en Afrique du Sud, au Botswana et à Hong-Kong. Il faut donc rappeler que la réactivité des laboratoires locaux aura été déterminante dans le processus de recherche et la réponse qui pourra être apportée si ce variant s’avère véritablement dangereux.