Figurez-vous que le génome du Litchi est passionnant

Les litchis sont de petits fruits issus de l’arbre du même nom. Prenant la forme d’une sphère orangée, sa peau est rugueuse, munie de douces pointes rougeoyantes. Une fois le fruit décortiqué, la chaire intérieure, blanche, est délicate et juteuse. Il s’agit d’un mets très apprécié dans le monde — et l’une des cultures fruitières les plus importantes de l’Asie du Sud-Est. Ils peuvent être mangés frais, ou utilisés dans diverses préparations.

Alors que vous dégustiez ce fruit, vous vous êtes peut-être demandé ce qu’il en était de son génome ? Non ? Certes, on l’entend bien. Mais une étude publiée le 3 janvier 2022 dans Nature pourrait vous faire changer d’avis. Elle plonge dans le génome du Litchi, et nous en apprend bien davantage sur son histoire. Cela pourra d’ailleurs être utile aux éleveurs.

« Comme pour un puzzle, nous avons assemblé l’histoire des humains avec le Litchi », commente l’un des auteurs. L’équipe de recherche a produit un génome de référence à partir d’une variété très populaire (Feizixiao), ce qui leur permis de comparer l’ADN à d’autres variétés, à la fois sauvages et cultivées, mais appartenant toutes à la même espèce (Litchi chinensis).

Les litchis d’aujourd’hui ont un double héritage

L’étude montre que la culture du litchi a émergé simultanément à deux endroits, avant de finalement se rejoindre.

L’arbre est d’abord né de manière sauvage dans le Yunnan, une province du sud-ouest de la Chine. Puis, il y a environ 18 000 ans, la plante s’est diffusée dans le sud et l’est du pays, atteignant l’île de Hainan — bien éloignée du point d’origine. La culture agricole du fruit est apparue peu après, presque au même moment mais indépendamment, à la fois dans le Yunnan et à Hainan.

Les cultures locales différaient grandement. Au Yunnan, la floraison permettant la cueillette était précoce, quand à Hainan, elle était tardive. Plus tard, des croisements entre les deux ont donné lieu à de nouvelles variétés, les hybrides que nous connaissons aujourd’hui — dont Feizixiao qui est la plus répandue.

Étudier encore plus en détail le génome du litchi ne permet pas seulement de retracer cette chronologie, mais aussi de comprendre ce qui a distingué les deux variétés originelles : pourquoi l’une avait-elle une floraison précoce, et l’autre une floraison tardive ?

Les chercheurs une repéré une « délétion » déterminante, c’est-à-dire un brin d’ADN manquant. Or, ce brin est connecté à d’autres gènes : ceux favorisant la floraison. L’ancienne variété primordiale du Yunnan, à la floraison précoce, disposait de cette délétion (il lui manquait le brin d’ADN), mais pas celle de Hainan, à la floraison tardive.

Qu’en est-il alors de l’hybride, Feizixiao ? Son ADN est hétérozygote. Cela signifie qu’il hérite de l’ensemble génétique de ses deux parents issus de Yunnan et Hainan. En conséquence, la délétion génétique est présente, du fait de l’héritage Hainan, mais qu’à moitié, car il a aussi l’héritage de Yunnan. Résultat, Feizixia fleurit tôt… mais pas extrêmement tôt.

N’imaginez pas à brûle-pourpoint que tout ceci n’a que pour seul intérêt une meilleure érudition en matière de litchi. Ces recherches vont être pertinentes pour les cultures agricoles. « C’est très utile pour les éleveurs. Comme le litchi est périssable, les périodes de floraison sont importantes pour prolonger la saison pendant laquelle le litchi est disponible sur les marchés », expliquent les chercheurs.

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